Redirecciones y pipes

  1. Flujos estándar

En Linux, cada comando trabaja con tres flujos estándar:

stdin (0): entrada estándar (información que recibe el comando)

stdout (1): salida estándar (información normal que produce)

stderr (2): salida de errores (mensajes de error)

  1. Redirecciones de salida

Permiten enviar la salida a un archivo o combinar salidas.

comando > salida.txt       # stdout a un archivo (sobrescribe)
comando >> salida.txt      # stdout a un archivo (agrega al final)
comando 2> errores.txt     # stderr a un archivo
comando &> todo.txt        # stdout y stderr al mismo archivo
comando > salida.txt 2>&1  # forma POSIX para combinar stdout y stderr

Ejemplo práctico de 2>&1

Creamos un archivo de prueba:

echo "archivo de prueba" > archivo1.txt

Sin 2>&1:

ls archivo1.txt archivo_que_no_existe > salida.txt
cat salida.txt
# Muestra:
# archivo1.txt

En la terminal verás:

ls: cannot access 'archivo_que_no_existe': No such file or directory

Con 2>&1:**

ls archivo1.txt archivo_que_no_existe > salida.txt 2>&1
cat salida.txt
# Muestra:
# archivo1.txt
# ls: cannot access 'archivo_que_no_existe': No such file or director

3. Redirecciones de entrada

Cuando un comando necesita información, puedes escribirla a mano, pero normalmente se la das desde un archivo o un bloque de texto.

Ejemplo con archivo:

echo -e "Carlos\nAna\nLuis" > nombres.txt
sort < nombres.txt
# Ana
# Carlos
# Luis

Aquí sort recibe los nombres como si los hubieras escrito línea por línea.

Here-string (<<<)

Sirve para pasar una cadena corta directamente como entrada:

tr '[:lower:]' '[:upper:]' <<< "hola mundo"
# HOLA MUNDO

El comando tr en Linux significa translate (traducir) o transliterate.
Sirve para reemplazar, eliminar o comprimir caracteres en un texto que recibe por entrada estándar (stdin).

Here-document (<<)

Se usa para escribir varias líneas de entrada o incluso crear archivos:

cat <<'EOF' > script.sh
#!/bin/bash
echo "Hola desde here-doc"
EOF

Todo lo que escribas entre <<EOF y EOF se manda al comando cat. Aquí se guardó en script.sh.

4. Pipes (|)

Un pipe conecta la salida de un comando con la entrada de otro.

Archivo de ejemplo:

echo -e "uno\ndos\ntres" > archivo.txt

cat archivo.txt | grep "dos"
# dos

En este caso cat manda las líneas a grep, que filtra solo la que contiene “dos”.

Ejemplo bioinformático

Un archivo FASTQ tiene 4 líneas por cada lectura. Con paste - - - - agrupamos esas 4 líneas en una sola y luego contamos:

echo -e "@read1\nACGT\n+\n!!!!\n@read2\nTGCA\n+\n!!!!" | paste - - - - | wc -l
# 2

Pipefail

Por defecto, el estado de salida de un pipeline es el del último comando. Si quieres que falle si cualquier parte falla:

set -o pipefail

5. tee: ver y guardar a la vez

A veces quieres guardar la salida en un archivo pero también verla en pantalla. Para eso está tee.

echo -e "linea1\nlinea2" | tee lista.txt
# linea1
# linea2
cat lista.txt
# linea1
# linea2

Para añadir sin borrar lo previo:

echo "linea3" | tee -a lista.txt

6. Sustitución de procesos <( )

Permite pasar la salida de un comando como si fuera un archivo.

Creamos archivos:

echo -e "a\nb\nc" > lista1.txt
echo -e "b\nc\nd" > lista2.txt

Comparar intersección de dos listas:

comm -12 <(sort lista1.txt) <(sort lista2.txt)
# b
# c

Aquí sort lista1.txt y sort lista2.txt se ejecutan y sus resultados se tratan como archivos temporales.

7. xargs: construir comandos desde stdin

Algunos programas no aceptan datos por stdin. xargs toma lo que le llega y lo convierte en argumentos de otro comando.

echo -e "archivo1.txt\narchivo2.txt" | xargs -n1 echo Procesando
# Procesando archivo1.txt
# Procesando archivo2.txt

  • -n1: ejecuta el comando con un argumento a la vez.

  • -P4: permite correr varios comandos en paralelo (ej. 4 a la vez).

Ejemplo bioinformático:

find 00_raw -name '*.fastq.gz' | xargs -n1 -P4 gzip -t

Esto verifica la integridad de varios archivos FASTQ en paralelo.

8. Buenas prácticas

  • Usa set -euo pipefail en scripts para atrapar errores.

  • Prueba comandos con datos pequeños (head, tail) antes de correrlos en datos grandes.

  • Evita espacios en nombres de archivos; si los hay, usa comillas.

  • Separa stdout y stderr si necesitas depurar o guardar logs.